戦術ミッションでそれぞれのヒーローが使える特殊能力は、カスタマイズ可能な固有のアビリティによって決まる。ヒーローたちは、戦術ミッションに出発する前に最大8つのアビリティをそれぞれが装備可能。アビリティによってレア度が異なるほか、「アタック」、「スキル」、「ヒロイック」の3カテゴリに分類される。

アタックアビリティ

アタックアビリティは、主に敵を直接攻撃するか、ノックバックで敵を吹き飛ばすことでダメージを与える。ノックバック攻撃で敵を環境オブジェクトや他の敵、さらには味方のヒーローの元まで吹き飛ばすことで、追加のダメージを与えることができる。

スキルアビリティ

スキルアビリティは、通常はダメージを与えることはないものの、戦況を有利にしてくれる数々の効果がある。プレイしているヒーローに応じて、チームメンバーを回復する、ターン中に使用できるアビリティを増やす、敵をスタン状態にして行動を阻止するなどの効果をもたらす。

ヒロイックアビリティ

ラインナップの中で最も強力なアビリティであるヒロイックアビリティは、アタックアビリティとスキルアビリティを使用し十分な「ヒロイズム」を蓄積したときにのみプレイ可能になる。ヒロイックアビリティは強力な効果をもたらし、複数の敵に同時に大ダメージを与え、一撃で敵を殲滅できることすらある。

戦術ミッションの開始時には、味方と友情を築くことでアンロックしたヒーローコンボアビリティが自動的にデッキに追加される。ヒーローコンボは、2人のヒーローが連携して単体を攻撃する強力なアビリティだ。これらのアビリティは、発動時にヒロイズムを消費し、ミッション1回につき1度しか発動できない。

戦術ミッションの通常のターンでは、アビリティを3つ使用できるが、「フリー」と表記されているか、追加のアクションを付与するアビリティがあれば行動回数を増やすことができる。「クイック」と表記されているアビリティは、3つのうちの1つをプレイしたものとしてカウントされるが、そのアビリティで敵をKOした場合などは、行動回数が返還されて消費しなかったことになる。なお、アビリティの使用を確定する前にその効果をプレビューできるので、ターゲットに与えられるダメージやステータス効果を確認してから決めることが可能だ。

使いたいアビリティが手元にないときは、1ターンに2回まで「引き直し」できるオプションがあり、現在のアビリティを捨て、デッキからランダムなアビリティと交換することができる。ターンを終了する前に、環境攻撃を実行することもできる。これは使用アビリティ合計にはカウントされないものの、ヒロイズムを消費するため、次のターンにヒロイックアビリティを使うために温存するのも手である。『マーベルミッドナイト・サンズ』の目まぐるしく変化する戦場では、プレイヤーの「判断」と「戦略」が勝利の鍵となる