『マーベル ミッドナイト・サンズ』の戦略ミッションでは、最大3人のヒーローチームで「敵を一掃する」、「標的の逃亡を阻止する」、「デバイスを防衛する」といったさまざまな目標の達成に挑みます。ミッションを成功させるには高度な戦略的判断が欠かせません。事前準備としてチームメンバーの選択や彼らとの関係構築にどれだけ力を入れていたとしても、ひとたびミッションが始まれば、刻一刻と変化していく戦況を読み取り、それに反応することが求められます。 

戦闘が始まると、選択したヒーローのアビリティがすべてデッキの中にシャッフルされる。毎ターン、このデッキからヒーローアビリティをランダムに取り出し、そのターンの最初に使えるアビリティを決定する。アビリティを使用する以外にも、実行できる（あるいは実行したい）アクションをすべて完了するとターン終了となる。

ヒーローは各々の力や特徴を発揮し、ほぼすべての環境オブジェクトを武器として使用できます。コンテナを持ち上げて投げる、大岩を跳ね上げて強烈な力で叩き付ける、街灯を倒して複数の敵を押し潰すといったアクションは、どれも非常に効果的です。こうした攻撃を行うには、インタラクト可能な環境オブジェクトがヒーローのリーチ内にあり、標的が攻撃可能な位置にいて、実行に必要なヒロイズムが溜まっている必要があります。

ヒーローは1ターンに1回だけ移動することができます。一直線に並んだ複数の敵にヒーローアビリティを仕掛けたい時や、敵の範囲攻撃で一気にダメージを受けないよう、ターン終了前にヒーローを分散させておきたい時などは、移動が極めて重要です。ヒーローの配置に注意し、アビリティを有効に使うことができれば、すぐにミッションを成功させられるようになるでしょう。