As missões táticas de Marvel's Midnight Suns agrupam forças-tarefa de até três heróis para a conclusão de objetivos como a eliminação de inimigos, evitar a fuga de um alvo, proteger um dispositivo e muitos outros. Para concluir as missões de forma bem-sucedida você terá que pensar estrategicamente, pois, por mais que você tenha se esforçado de antemão para selecionar e cultivar amizades entre os membros da equipe, a partir do início da missão é necessário interpretar e reagir às mudanças constantes no campo de batalha. 

No início de cada combate, todas as suas Habilidades de Herói serão embaralhadas na sua pilha. A cada turno, você automaticamente puxará Habilidades de Herói desta pilha, assim determinando quais você poderá acessar naquele turno. Seu turno acaba quando você tiver executado todas as suas ações possíveis - ou que você queira - que incluem mais do que somente utilizar Habilidades.

Os heróis podem usar sua força e recursos para transformar quase todos os objetos do Ambiente em uma arma. Ações como pegar e arremessar uma caixa, saltar de uma rocha grande para cair sobre um inimigo com mais força ou até derrubar um poste sobre vários inimigos podem ser muito eficazes. Para executar ataques como esses, seus heróis precisarão estar na área de alcance dos objetos interativos do Ambiente, posicionados para mirar em inimigos com eles e ter a quantidade necessária de Heroísmo para ativação.

Uma vez por turno, você pode usar uma ação de Movimento para reposicionar um herói. Isso será muito útil se você quiser usar uma Habilidade de Herói que cause dano a vários inimigos em linha reta, ou, caso esteja chegando ao fim do seu turno, queira abrir espaço entre seus heróis para que não sejam todos prejudicados pelo ataque de efeito em área de um inimigo. Se prestar atenção no posicionamento dos heróis e usar bem as habilidades deles, você concluirá missões com sucesso rapidamente.