《漫威暗夜之子》中的每一天都从修道院开始，这座堡垒原本地处特兰西亚，经搬迁之后隐藏在马萨诸塞州塞勒姆悬崖峭壁上一个小空间中已数百年之久。修道院是暗夜之子的总部和基地，战斗之外的所有策略决策均是在此完成。
修道院中的各个房间可以利用在策略任务中获得的各种奖励，例如研究神器容器、分析伽马线圈，以及破译情报信息。这些奖励可以用来打造新物品、升级能力，帮助暗夜之子为之后的策略任务做足准备。在修道院中，玩家还可以接触到游戏的角色扮演机制，和其他英雄建立友谊。
