Ogni giornata all'interno di Marvel's Midnight Suns inizia all'Abbazia, una fortezza della Transia che è stata spostata e tenuta nascosta in una dimensione parallela sulle scogliere di Salem in Massachusetts per secoli. L'Abbazia è il quartier generale dei Midnight Suns e la base operativa per tutte le decisioni strategiche prese al di fuori dei combattimenti.

Le varie stanze dell'Abbazia permettono di utilizzare le ricompense ottenute durante le missioni tattiche precedenti e studiare i contenitori dei manufatti, analizzare le spirali gamma e decifrare informazioni. Queste ricompense vi aiuteranno a preparare i Midnight Suns per le missioni tattiche successive creando nuovi oggetti e potenziando le abilità. Nell'Abbazia potete anche esplorare le meccaniche da gioco di ruolo e stringere amicizie con gli altri eroi.