In verband met de opkomst van het wereldwijde gevaar van Lilith en Hydra kun je in de War Room de Midnight Suns in de gaten houden en reageren op opkomende bedreigingen. De belangrijkste onderdelen zijn de mysterieuze Mirror Table en de C.E.N.T.R.A.L.-werkplek.

Op de strategische gevechtskaart van de Mirror Table worden alle momenteel beschikbare missies weergegeven. Hier kun je de missie kiezen en activeren die je de Midnight Suns wilt laten doen. De Mirror Table geeft ook de vereisten, beloningen en moeilijkheid voor elke missie aan.

De C.E.N.T.R.A.L.-werkplek is ontworpen met eigen technologie van Stark. Hier kan Captain Marvel de Intel Caches ontcijferen die je tijdens missies verkrijgt. De Intel die ze verzamelt is een informatiebron die kan worden ingezet om helden op speciale Hero Ops te sturen, die nieuwe heldenvaardigheden en andere beloningen opleveren als je ze voltooit.

Voor je War Room-systemen kunnen allerlei upgrades worden gekocht en geïnstalleerd, die allemaal nieuwe projecten unlocken en andere unieke voordelen opleveren. Met de S.H.I.E.L.D. Exchange kunnen de Midnight Suns bijvoorbeeld middelen krijgen van S.H.I.E.L.D. De S.T.R.I.K.E.-terminal unlocked dan weer de kans dat helden overmeesterde vijanden ondervragen tijdens tactische missies.