릴리스와 히드라의 세계적인 위협에 맞서, 미드나잇 선즈는 작전실에서 다가오는 위협을 감시하고 대응할 수 있습니다. 작전실의 주요 장비는 신비로운 거울 탁자와 센트럴 단말기입니다.

현재 이용 가능한 모든 임무는 거울 탁자의 전략적 전투 지도상에 표기됩니다. 플레이어는 미드나잇 선즈가 시작할 수 있는 임무를 선택하고 활성화할 수 있습니다. 또한 거울 탁자에서는 각 임무의 요구 조건과 보상, 난이도에 대한 개요가 제공됩니다.

스타크 기술로 설계된 센트럴 단말기에서는 플레이어가 임무에서 회수한 정보 캐시를 캡틴 마블이 해독할 수 있습니다. 캡틴 마블이 해독한 정보는 히어로들을 특수 히어로 작전으로 보낼 때 사용할 수 있는 자원입니다. 해당 작전을 성공적으로 완료하면 새 히어로 능력과 기타 보상을 획득할 수 있습니다.

다양한 업그레이드를 구입해서 작전실 시스템에 설치할 수 있습니다. 각 업그레이드는 새 프로젝트를 잠금 해제하며, 기타 특별한 혜택을 제공합니다. 예를 들어, 쉴드 거래소에서는 미드나잇 선즈가 쉴드로부터 자원을 획득할 수 있으며, 스트라이크 단말기에서는 전술 임무에서 제압한 적을 히어로가 심문할 수 있는 기회가 잠금 해제됩니다.