リリスとヒドラにより世界の危機的事態が増すなか、ミッドナイト・サンズは戦略室で迫りくる脅威を監視し、それらに対応します。その中心となるのが、魔術の力が宿るミラーテーブルとC.E.N.T.R.A.L.ワークステーションです。

ミラーテーブルの戦略マップには現在出動可能なすべてのミッションが表示され、そのなかからミッドナイト・サンズが向かうべきミッションを選択し、有効にすることができます。各ミッションの条件、報酬、難易度もミラーテーブルに示されます。

スターク社独自のテクノロジーを搭載した C.E.N.T.R.A.L. ワークステーションでは、ミッション中に回収した情報キャッシュをキャプテン・マーベルが解析してくれます。収集された情報は、ヒーローたちを特殊なヒーロー任務に送る際の資源として消費でき、任務を完了すると新たなヒーローアビリティやそのほかの報酬が獲得できます。

戦略室のシステムにはさまざまなアップグレードを購入および導入することができ、それにより新たなプロジェクトやそのほかのユニークな特典が得られます。たとえば S.H.I.E.L.D. エクスチェンジではミッドナイト・サンズが S.H.I.E.L.D. から資源を獲得できるようになり、S.T.R.I.K.E. ターミナルでは戦略ミッションで拘束した敵に対してヒーローが尋問を行えるようになります。