Con il pericolo costituito da Lilith e la minaccia dell'Hydra, la sala operativa permette ai Midnight Suns di controllare la situazione e rispondere alle emergenze. Le postazioni principali sono il mistico Tavolo Specchio e la stazione C.E.N.T.R.A.L.

Tutte le missioni disponibili vengono mostrate nella mappa strategica del Tavolo Specchio, permettendovi di scegliere e attivare la missione da far intraprendere ai Midnight Suns. Il Tavolo Specchio specifica anche i requisiti, le ricompense e la difficoltà di ogni missione.

Creata con autentica tecnologia Stark, la postazione C.E.N.T.R.A.L. permette a Captain Marvel di decifrare i Cristalli Dati che trovate in missione. I dati ottenuti possono essere utilizzati per inviare gli eroi in Operazioni eroe che forniscono nuove abilità eroe e altre ricompense quando completate.

Potete acquistare vari potenziamenti per i sistemi della sala operativa e ognuno sbloccherà nuovi progetti o altri benefici unici. Per esempio, lo Scambio S.H.I.E.L.D. permette ai Midnight Suns di ottenere risorse dallo S.H.I.E.L.D., mentre il terminale S.T.R.I.K.E. permette agli eroi di interrogare i nemici sconfitti durante le missioni tattiche.