玩家在《漫威午夜之子》的戰鬥任務中遇到的各種敵人可以分類成嘍囉、菁英或魔王。嘍囉能造成致命威脅，尤其在數量眾多的情況下，但他們只要受到任何來源的傷害就會倒下，所以只需揍他們一拳或者將其撞進遊戲環境中的傷害來源就能解決他們。菁英敵人有自己的生命值條，通常需要攻擊多次才會被擊敗。魔王是遊戲中最強大的敵人：不只有最多生命值、能造成最多的傷害，還有著就算面對整隊午夜之子英雄也不落下風的可怕特殊能力。

嘍囉和菁英頭上都有英雄圖示，顯示他們下回合將打算攻擊哪位英雄。這讓玩家有更多資訊判斷要優先解決哪些敵方目標，或者選擇要治療哪些隊友等等。魔王不會用這種方式預示自己的攻擊，這也讓他們更難預測和反制。

在許多任務中，敵人每隔一段時間就會在回合結束時召喚援軍。這些新加入的敵人將由嘍囉和菁英組成，若忽視他們時不時提升的數量，玩家很快就會被持續增長的敵人擊垮。有時候玩家可以透過完成子目標來阻止增援，而在其他任務中，新一批敵人則會在任務結束前源源不絕地加入。但玩家精心挑選的英雄團隊肯定可以擺平他們，你說是吧？