Os inimigos que você enfrentará nas missões de combate de Marvel's Midnight Suns podem ser classificados como Lacaio, Elite ou Chefe. Os Lacaios podem ser uma ameaça fatal, especialmente quando muito numerosos, mas qualquer fonte de dano pode derrotá-los – de um soco a serem lançados no Ambiente. Inimigos de Elite têm barras de vida, e geralmente são derrotados após vários ataques. Os Chefes são os inimigos mais fortes do jogo. São os que têm mais vida e que causam mais dano, além de terem habilidades especiais que os tornam oponentes de respeito até para uma equipe de heróis dos Midnight Suns.

Lacaios e Elites têm ícones de herói acima das cabeças indicando que herói planejam atacar no próximo turno deles. Com isso, você pode tomar decisões melhores ao priorizar alvos inimigos ou escolher qual aliado curar, por exemplo. Os Chefes não apresentam esse tipo de informação sobre seus ataques, e por isso é mais difícil contra-atacar.

Em muitas missões, os inimigos convocarão reforços periodicamente ao final dos turnos deles. Essas novas ondas de forças inimigas são compostas de Lacaios e Elites, e, caso sejam ignorados, sua chegada intermitente pode acabar saindo do controle do seu esquadrão. Os reforços às vezes podem ser detidos pela conclusão de um objetivo secundário; em outras missões, mais inimigos continuarão surgindo até o fim. Mas isso não é nada que a sua equipe de heróis escolhidos a dedo não possa enfrentar, não é mesmo?