Los enemigos a los que te enfrentarás en las misiones de combate de Marvel's Midnight Suns se dividen en tres categorías: esbirros, de élite y jefes. Los esbirros son peligrosos, especialmente en grupos grandes, pero son derrotados si sufren daño de cualquier forma, como recibir un puñetazo o ser lanzados contra el entorno. Los enemigos de élite tienen barras de salud y suelen ser necesarios varios ataques para derrotarlos. Los jefes son los enemigos más poderosos del juego; son los que tienen más salud, infligen más daño y cuentan con capacidades especiales que los convierten en adversarios formidables incluso para un equipo de héroes como los Midnight Suns.
Los esbirros y los enemigos élite tienen iconos de héroe sobre sus cabezas que indican a qué héroe planean atacar en su siguiente turno. Esto te permite tomar decisiones con conocimiento, como priorizar a qué enemigos atacar o a qué compañeros curar. Los jefes no revelan sus intenciones de esta forma, por lo que es mucho más difícil predecir y contrarrestar sus movimientos.
En muchas misiones, los enemigos invocarán refuerzos de manera periódica al final de su turno. Estas nuevas oleadas estarán compuestas por esbirros y enemigos de élite, y sus llegadas intermitentes pueden conseguir abrumar rápido a tu equipo si los ignoras. En ocasiones, se puede evitar que lleguen más refuerzos completando subobjetivos; en otras misiones, no pararán de llegar nuevos enemigos hasta que no acabe la misión. Nada con lo que no pueda tu equipo de héroes cuidadosamente elegido, ¿verdad?