Elke vijand waar je tegen vecht in de vechtmissies van Marvel's Midnight Suns kan worden ingedeeld in de categorieën Minion, Elite of Boss. Minions zijn dodelijk, vooral in grote aantallen, maar kunnen verslagen worden zodra ze wat voor schade dan ook oplopen, van een rechtse hoek tot in het rond geslingerd worden. Elite-vijanden hebben gezondheidsbalken en vereisen meerdere aanvallen om te verslaan. Bosses zijn de krachtigste vijanden in het spel. Ze hebben de meeste gezondheid, doen het meeste schade en hebben speciale vaardigheden wat ze geduchte tegenstanders maakt voor een team van Midnight Suns-helden.

Bij Minions en Elites verschijnen heldpictogrammen boven het hoofd, zodat je kunt zien welke held ze in hun volgende beurt zullen aanvallen. Dit geeft je de kans om betere beslissingen te nemen wanneer je bijvoorbeeld bepaalt welke vijand je wilt aanvallen of welke teamgenoot je wilt genezen. Bosses laten hun aanvallen niet zien op deze manier, waardoor hun aanvallen veel moeilijker te voorspellen zijn.

In veel missies roepen vijanden regelmatig versterking op aan het einde van hun beurt. Deze nieuwe golven van vijanden bestaan uit Minions en Elites. De periodieke aankomst van die vijanden kan je team overspoelen als je niet goed let op de groeiende aantallen. Soms kun je door middel van het voltooien van een sub-missiedoel voorkomen dat versterkingen aankomen. In andere missies blijven nieuwe vijanden aankomen totdat de missie eindigt. Niets wat jouw speciaal samengestelde team niet aankan, toch?